Il existe un format de fichier xml sitemap qui permet de déclarer un ensemble de sitemap lorsqu'on gère plusieurs sites
(http://support.google.com/webmasters/bin/answer.py?hl=fr&answer=71453).
Ce serait donc bien de le générer en plus des autres, car cela éviterait la soumission de dizaines de fichiers à Google. La soumission de l'index sitemap suffit !

Par ailleurs, pour que les robots des autres moteurs puissent retrouver les fichiers sitemap, il faut ajouter la liste des sitemap dans le fichier robots.txt :
http://www.sitemaps.org/protocol.html#submit_robots
Pourrait-on intégrer cette modif de façon automatique dans le processus de génération ?