Dans le traitement d'indexation des fiches enfant, si une fiche fait un lien vers une fiche qui n'existe pas, on indexe quand même une fiche vide.
Cela prend de la place pour rien.
cf dans la méthode FicheSerializer#serialize :

 // récupération de la fiche associée
            final FicheUniv fiche = this.getFiche(datas, type, jsonGen, provider);
            if (null == fiche) {
                LOG.warn("La fiche recherchée est introuvable avec les données suivantes (code='{}',type='{}')", frg, type);
                continue;
            }

On teste sur la nullité de la fiche, or une fiche vide est instanciée. Donc ce n'est jamais null. Il faut aussi tester l'ID de la fiche.